溫度較高時，選陰涼通風、地勢高燥的地方儲藏。采下的果實需先預冷，儲藏前剔除病果和機械損傷果。先鋪一層厚10厘米、寬100-150厘米的麥秸，長度根據(jù)儲藏量而定。在麥秸上擺放一層果實，果柄朝下，果與果之間留2厘米空隙，上鋪一層麥秸，厚度以蓋住果實為宜，如此一層果實一層麥秸擺放6-10層，注意下寬上窄，最后外部鋪一層麥秸，厚度為10厘米。此法可儲藏1個月左右，好果率可達90%以上。分批出售時可從一頭扒開， 拿出部分番茄后仍用麥秸蓋嚴。
　　塑料大中棚內秋延后栽培的番茄，在綠熟期采收后儲藏，采收前、采收時和儲藏期時刻都有低溫影響，重點應做好保溫工作。已進入硬熟期和完熟期的番茄應立即上市或食用，也可以放在5-7℃條件下短期儲藏，一般能存放15-20天。綠熟期果實怕低溫，在8℃以下較長時間存放果實會受冷害，表面出現(xiàn)水浸狀斑點，下陷、褐變，果蒂周圍變成淺褐色，嚴重時產生白霉、青霉或黑霉，甚至引起水分外滲，整個果實呈半透明水浸狀腐敗。綠熟期果實應先在10-14℃溫度條件下緩慢紅熟，然后在5-7℃條件下儲存。儲藏期適宜的空氣相對濕度為85-90%，濕度過低易引起過度失水，果皮變皺，香味變淡。

　　此外，據(jù)有關資料報道，用1%蠅蛆殼聚糖水溶液與1‰阿米西達水溶液以1:1的體積比配制成混合液（淀粉濃度1%）浸泡番茄，晾干后裝入保鮮膜中，置于25-30℃溫度條件下可保存12天。